Incerte sono le notizie sulla fondazione di questo piccolo gioiello di architettura rupestre, incastonata fra le rocce del Kratas in una splendida posizione panoramica, nella parte alta del centro urbano di Caltabellotta e ai margini di un’importantissima zona archeologica ancora tutta da studiare.
Si tratta di uno dei più antichi luoghi di culto cristiano presenti in questo territorio. Vi si accede attraverso gradini intagliati nella roccia. Nella rupe sottostante si aprono una serie di antichi vani di grande interesse archeologico ed è facilmente intuibile che tanto essi che la chiesa dovessero far parte di un “unicum”, verosimilmente bizantino, probabilmente monastico con religiosi quasi certamente Basiliani.
Il posto è incantevole e si può raggiungere facilmente dalla strada panoramica che si snoda a nord dell'abitato, attraverso il passaggio naturale esistente nel complesso roccioso che sovrasta il centro cittadino, comunemente chiamato "malupirtusu" o, a piedi, percorrendo stradine del centro storico.
La chiesetta è formata da due parti ben distinte: ovviamente la più antica è la rupestre mentre la parte esterna, la moderna, è contraddistinta dalla classica forma a capanna con il piccolo campanile seicentesco, molto semplice e ingentilito dalla vela campanaria dal disegno elegante.
Nel corso dei secoli la chiesa ha subìto diverse manomissioni; fino alla metà del XIX secolo era arricchita da una porta in stile gotico e dotata di un vestibolo. Attualmente l'ingresso è caratterizzato da una porta, con architrave arcuato in conci di pietra squadrata, sormontata da una finestra di forma ottagonale.
La zona presbiteriale, aggiunta in età moderna, è separata dall'unica aula a forma di ventaglio (tipico dei Basiliani) mediante archi finti sorretti da due colonne monolitiche in pietra. Nella parte centrale un moderno altare in pietra, opera dello scultore Salvatore Rizzuti, inserito a seguito dell’ultimo restauro (1998), si appoggia alla parete di fondo dove è scavata una nicchia con statua della Pietà di incerta fattura.
Sulla destra vi è la traccia di un affresco molto deteriorato che raffigura l'effigie di San Cono con accanto un incavo quadrato probabilmente utilizzato per la conservazione di arredi sacri; a sinistra si legge nella roccia il segno di un altare molto arcaico adorno di piccole conche.
Sia la presenza di San Cono sia la parte scavata nella roccia riportano tutto il complesso al periodo paleocristiano e probabilmente bizantino, considerato che a Caltabellotta a qualche centinaio di metri da qui vi è il luogo, ove visse e morì S. Pellegrino e dove sicuramente continuarono a vivere i suoi successori.